系統生物與生物資訊實驗室

簡介：

生命科學將是下世紀研究主流，生物基因密碼已快解讀完畢，腦神經訊號，

細胞訊號，生物分子及基因序列訊號處理將是後基因時代最重要研究課題之一。

生物訊號處理將是瞭解生命奧秘的重要鎖鑰及生物科技利器。

本卓越計劃結合理學院、生科院及電機系教授，同時和芝加哥大學教授吳仲義教授

及李文雄教授（中研院院士）合作（派研究生到芝加哥大學）共同研究，追求學術卓越，以達世界水準。

*Bioinformatics

*Molecualr Evolution and Control: System Biology Approach

-----演化舞曲

成員：

指導老師 -- 陳博現

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博士班

碩士班

博七 -- 巫志鴻

博七 -- 林英博

博六 -- 杜建達

博五 -- 許智淵

博四 -- 賀世儒

博三 -- 吳嘉洲

博一 -- 郭宗裕

碩二 -- 蔡宗翰

碩二 -- 李易殷

碩二 -- 魏佳進

碩二 -- 潘振銘

碩一 -- 余祖鈞

碩一 -- 陳如虹

 

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畢業學長--郭宗裕

Master thesis: Seeking for the potential infection-related proteins between C. albicans and zebrafish via dynamic host-pathogen interaction network

                        透過宿主與病原體的互動網路來尋找白色念珠菌和斑馬魚之間與感染有關的蛋白質

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畢業學長--莊明達

Master thesis: Prediction of intra-cellular and inter-species protein interactions by integrated dynamic host-pathogen network between Candida albicans and zebrafish

                        利用白色念珠菌宿主與斑馬魚寄主之間的整合性動態網路預測細胞內與物種之間的蛋白質交互作用

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畢業學姐--蔡怡君

Master thesis: Crucial functional modules emerging in host-pathogen interaction due to Candida infection

                       白色念珠菌感染過程中之宿主-病源菌交互作用的重要功能性模組探討

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畢業學長--陳柏瑋

PhD dissertation: Robust synthetic biology design in biofuel metabolic engineering: A fuzzy-based stochastic game theory approach with Markovian jumping kinetic parameters

                            以強健性組合生物學之觀點設計生質能源代謝路徑：於馬可夫隨機參數跳躍狀況應用模糊化賽局理論

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畢業學長--黃信豪

Master thesis: Cellular network of infectious Candida albicans on host tissues by integrating transcription regulation, protein interaction and cellular functionality

                        整合基因轉錄調控、蛋白質交互作用與細胞功能性之白色念珠菌感染宿主組織的細胞網路

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畢業學長-- 姚承洧

Master thesis: Construction of the gene regulatory networks of long term photosynthetic light acclimation in Arabidopsis thaliana

                        建構阿拉伯芥於光合作用的長期光適應行為下之基因調控網路

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畢業學長--李征𣜃

PhD dissertation: Robust sensorimotor control of human arm system under state-dependent noises, control-dependent noises and additive noises

                            在與狀態和控制訊號相關聯之雜訊影響嚇得人類手臂感覺運動的強健控制

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畢業學長-- 王禹超

PhD dissertation: A network-based biomarker approach for molecular investigation and diagnosis of lung cancer

                            利用生物網路標記進行肺癌分子研究及診斷

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畢業學長-- 楊世匡

Master thesis: Dynamic Cross-Talk Analysis among TNF-R, TLR-4 and IL-1R Signalings to IKK in TNFα-induced Immune System

                        免疫系統在TNFα刺激下TNF-R, TLR-4以及IL-1R傳遞至IKK信號途徑的動態交互作用分析

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畢業學長 -- 吳謂勝

PhD dissertation: Genetic Regulatory Networks of Saccharomyces cerevisiae

                            酵母菌基因調控網路之研究

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畢業學長 -- 張嘉宏

Master thesis: Robust Model Matching Control of Immune Response under Environmental Disturbances: Dynamic game Approach

                        利用動態博局方法在環境干擾下的免疫反應之強健模式匹配控制設計

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畢業學長 -- 褚亮翬

Master thesis: Construction of Cancer-Perturbed Protein-Protein Interaction Network of Apoptosis for Drug Target Discovery

                        建立癌症擾動蛋白質的交互作用細胞凋零網路於藥物標靶發現

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畢業學長 -- 謝策閔

Master thesis: On the Gene Regulatory Network of Systemic Inflammation in Human via Microarray Data

                        利用microarray data來建構人類的發炎系統基因調控網路

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畢業學姐 -- 吳宛珊

Master thesis: Robust Circuit Control Design of Biochemical Networks

                        生化網路的強健性路徑控制設計

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畢業學長 -- 陳瑞延

Master thesis: Construction and Comparison of Protein-Protein Interaction Networks between Normal and Cancer Cells via Nonlinear Stochastic Model

利用非線性的隨機模型來建立並比較正常與癌症細胞中蛋白質的交互作用網路

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畢業學長 -- 張昱翔

Master thesis: Identification of Cooperativity among Transcription Factor via Stochastic System Model

藉由隨機系統模型辨識轉錄因子中的偕同作用

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畢業學長 -- 朱永翔

Master thesis: Construction of Dynamic Gene Regulatory Network of Hela Cell Cycle via Microarray Data

用microarray data來建構癌症細胞週期動態基因調控網路

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畢業學長 -- 林立協

Master thesis: Dynamic Modeling of Cis-Regulatory Circuits by a Cross Gene Identification Scheme and Gene Expression Prediction

利用交叉基因辨識技巧建立基因的Cis 調控網路動態模型及基因表現的預測

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畢業學長 -- 劉家榮

Master thesis: On Dynamic Cluster Regulatory Networks of Yeast under the Heat Schock Stress

藉由動態模型討論酵母菌在高溫環境下的基因群間調控網路

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畢業學長 -- 張文杰

Master thesis: System Identification and Analysis of the Circadian Regulatory Network in Arabidopsis Thaliana

阿拉伯芥生理時鐘基因調控網路之系統辨別及分析

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畢業學長 -- 陳泓竹(Master)

Master thesis: Quantitative Characteritation of Transcriptional Regulatory Network in Saccharomyces cerevisiae Cell Cycle

酵母菌細胞週期之基因調控網路定量分析